Eötvös Loránd Trefort Ágoston kultuszminiszter megbízásából 1881-ben tanulmányozta a francia oktatásügyet. Rektori székfoglalója, akadémiai beszédei tanúsították liberális gondolkodását, a tudományok iránti elkötelezettségét, választékos stílusát. 1887-ben íródott híres nyílt levelében az egyetem feladatát a tudomány fejlesztésével való foglalkozásban jelölte meg. A hazai állapotok elemzése alapján javasolta, hogy a vizsgára bocsátás elôfeltétele legyen bizonyos tantárgyak hallgatása, s a vizsgák rendjét a tudományos elôképzés szempontjai határozzák meg.
Eötvös Loránd rövid idôre, mindössze hét hónapra cserélte fel a katedrát a miniszteri bársonyszékre. A Wekerle-kormány tagjaként bekapcsolódott az egyházpolitikai reformokért folytatott küzdelembe. A képviselôház 1894. június 26-i ülésén tartott beszédében a zsidó vallás recepciója mellett foglalt állást. 1867-ben ugyan már sor került a zsidó emancipáció kimondására, amely az ország izraelita lakosait a keresztény lakosokkal minden politikai és polgári jog gyakorlására egyaránt jogosította, s így vallásuk az ún. elismert felekezetek közé tartozott. A zsidó vallás recepciójának kimondására - amelyet Eötvös is szorgalmazott - csak utóda, Wlassics Gyula minisztersége idején került sor; az 1895. évi XLII. tc. a bevett felekezetek közé iktatta a zsidó vallást.
A vallás szabad gyakorlásának kérdésével foglalkozott Eötvös a fôrendiházban, 1894. október 3-án elhangzott felszólalásában. Hangsúlyozta: "A korszellem és az ezáltal hirdetett elvek megfontolásától és latolgatásától nem zárkózhatik el semmiféle kormány, nem zárkózhatik el különösen az alkotmányos kormány." Ebbôl a megfontolásból kiindulva támogatta az egyházpolitikai törvényjavaslatot, felhíva a fôrendek figyelmét arra a tényre, miszerint: "...haladás a régi szokások változtatása nélkül egyáltalában nem lehetséges..."
Eötvös Loránd rövid ideig tartó minisztersége közel sem volt elegendô arra, hogy elgondolásait csak részben is valóra válthassa. Mégis ebben a kurta kormányzati periódusban is igyekezett javítani a tanítók helyzetén: emelte a jutalmakra és segélyekre fordítható költségvetési összeget és folyamatba tétette a tanítói illetmények felemelését. Fontos feladatának érezte az iskolák oktatási tevékenységének javítását. Ezért a jó iskolák feltételeinek megteremtésére törekedett; e vonatkozásban gondolt a tanárképzés fejlesztésére, a tanárok fizetésének rendezésére, és utalt a jó tankönyvek, valamint a korszerû tanítási módszerek alkalmazásának szükségességére.
A kilencvenes években egyre érezhetôbbé vált a középiskolai tanárok hiánya. A tanárhiány megszüntetésére irányuló társadalmi igényt kihasználva Eötvös Loránd felelevenítette - nagybátyjával, Trefort Ágostonnal sok vonatkozásban közös - régi tervét: az általuk jól ismert párizsi École Normale Supérieure mintájára bentlakásos intézet létesítését a középiskolában már kitûnô tanulmányi eredményt elért, tehetségesnek ítélt bölcsészkari tanárjelöltek részére, hogy ezzel is elômozdítsa tudományos nevelésüket. Eötvös elgondolása szerint a hallgatók a kollégium keretén belül szaktanárok vezetésével, az önálló tudományos kutatást fejlesztô szemináriumi módszerrel külön tudományos képzésben részesülhetnek. Egyúttal a kollégium elô kívánta mozdítani a szegény sorsú tehetséges fiatalok továbbtanulását: 100 férôhelybôl 30 ingyenes volt. A kollégiumba bejutottak részben mentesültek tehát az anyagi problémáktól, s további elônyt jelentett, hogy délutánonként kitûnô tanár is foglalkozott az ott lakó diákokkal. A kollégium történelme igazolta az alapítók szándékait: diákjaiból a hazai tudományos élet kiválóságai kerültek ki. Eötvös kezdeményezését utóda, Wlassics Gyula valósította meg: az elsô magyar kultuszminiszterrôl elnevezett intézet, az Eötvös József Kollégium 1895. szeptemberében kezdte meg mûködését.
Fontos és maradandó újításnak bizonyult, ahogy Eötvös Loránd megoldotta a középiskolai tanulmányi versenyek kérdését. Tárgyalások folytak ugyanis a különbözô nyugat-európai országok középiskolai tanulmányi versenyeinek mintájára megvalósítandó verseny adaptálásáról. Eötvös elutasította az általános tanulmányi verseny gondolatát, amely az érettségi megismétlése lett volna, s helyette az egyes szakterületeken lefolytatandó versengés mellett nyilatkozott. Így természetesen elfogadta a matematikai és fizikai társulat választmányának javaslatát, hogy ezentúl minden tanévben e tárgyakból a középiskolai diákok számára tanulmányi versenyt szervezzenek. Az elsô versenyt még 1894-ben - tehát Eötvös Loránd miniszterségének idôszakában - bonyolították le.
Eötvös toleráns felfogása megmutatkozott a nemzetiségi kérdés kapcsán, hiszen a kollégiumban magyarok mellett más nemzetiségûek is helyet kaphattak. A tanfelügyelôk elôtt tartott beszédében is ilyen értelemben nyilatkozott: "Az iskola nemzetiségi kérdéseiben nem általános rendszabályokkal fogunk rendet teremteni, hanem azzal, hogy bár legkisebbnek látszó és sokszor nagyon kényes esetekben kellô tapintattal intézkedünk, és lehetôleg nem cselekedünk másnak olyat, ami fájna nekünk, ha velünk történne meg."
Miniszteri tevékenysége kapcsán támogatta a mûvészeti életünk fejlesztésére irányuló törekvéseket. A mûcsarnok létesítésével foglalkozott 1894. június 22-i képviselôházi beszédében. Levéllel kereste meg a megyék élén álló fôispánokat, hogy az ezredéves kiállítás alkalmával a megye történelmi helyeit vagy eseményeit örökíttessék meg, s a megrendelés megtételével is járuljanak hozzá igen szép eredményeket elért festészetünk, szobrászatunk további fellendítéséhez.
Eötvös miniszteri mûködése után tovább folytatta professzori és tudományos tevékenységét. Az Eötvös Józsefrôl elnevezett kollégium elsô kurátori tisztségét is elvállalta. Az 1896/97. tanévtôl a tanárképzô intézet igazgatója, 1899-tôl elnöke lett.
Eötvös Loránd, a tudós, a híres fizikus kultuszminiszterként is elévülhetetlen érdemeket szerzett. Nevét halála után számos intézmény, így a Geofizikai Intézet, a Fizikai Társulat, majd 1950-ben a budapesti tudományegyetem vette fel.
Tudományos az iskola, tudományos a tanítás ott, de csakis ott, ahol tudósok tanítanak. Hozzátehetem, hogy tudósnak nem a sokat tudót, hanem a tudomány kutatóját nevezem.
A tudósok tanítása annyiféle, ahány a tudomány és ahány maga a tudós; az egyik a részletekbe mélyed, a másik inkább általános tételekkel foglalkozik, az egyik szaval, a másik diktál; az egyik kísérletez, a másik dedukál; egy mintára szabni valamennyit lehetetlen és nem is szabad, mert értéket e tanításnak éppen egyéni jellemvonása ad.
A tudós, ki a tudomány igazságát hallgatói elôtt mindig újra meg újra fölfedezni látszik, s az egyes tételeket a maga módja szerint egy épületben összehordja: annál biztosabban fogja hallgatóinak érdeklôdését felébreszteni, mennél inkább sajátja az a gondolatmenet, amelyet követ. Igaz, hogy az ilyen elôadások nem terjedhetnek ki egyaránt minden részletre, s ezért nem adhatnak annyit, mint amennyit például egy nagy kézikönyv vagy enciklopédia elolvasása vagy felolvasása adna, de lehetôvé teszi azt, ami ennél sokkal fontosabb, és amire a könyv holt betûje nem képes, hogy ti. már a kezdô is bepillanthasson a tudomány lényegébe, s ne csak eredményeit csodálja meg, hanem kutatásának módszereivel is megismerkedjék.
Többet lát egy ország természeti szépségeibôl az az utas, aki tapasztalt vezetô kíséretében, korszerûen megválasztott ösvényeken bejárja néhány legérdekesebb vidékét, mint az, aki végignyargal minden szélesre taposott országútján.
A gondolkozásban önállóságot csak az olyan tanár tanítása adhat, aki maga önállóan gondolkozik, s éppen ez az önállóság az, ami a legszükségesebb a tudósnak, mint a gyakorlat emberének.
Rektori székfoglaló beszéd a budapesti tudományegyetemen (1891. szept. 15.)